Иванов-Петров Александр (ivanov_petrov) wrote,
Иванов-Петров Александр
ivanov_petrov

"Темная материя" генома

http://q-uadrat.livejournal.com/57062.html
"Статья об одной нерешенной пока проблеме мол биологии. Проблема была поставлена в середине нулевых, когда стали массово обнаруживать слаботранскрибируемые РНК, происходящие из межгенных неконсервативных районов генома ("темная материя"). Еще в 2007 году одним из заметных результатов эпического проекта ENCODE стал факт, что для примерно 93% генома человека существуют транскрипты. Это при том, что доля генов в геноме человека - всего 2%. Конечно, каждая РНК, транскрибируемая вне генов, встречается редко или очень редко, но в сумме такие транскрипты составляют, по оценкам того времени, примерно 20-25% от всего транскриптома. Зачем нужны такие РНК, и нужны ли они вообще для чего-нибудь - неясно.

Гипотезы, объясняющие смысл существования некодирующих РНК, обычно предполагают существование некого (принципиально нового!) уровня регуляции экспрессии генов. Кандидаты на эту роль есть. Например, snoRNA - короткие РНК, которые могут редактировать содержание других РНК. Это может быть гораздо более многочисленный класс, чем известно сегодня, за счет хотя бы узкотканеспецифичных РНК. Второй кандидат - короткие РНК, ассоциированные с промотерами - pasRNA. Непонятно, зачем они там нужны, но вроде как они могут влиять на экспрессию с этих промотеров. Или есть свидетельства, что аберрантная транскрипция - это способ доставить полимеразу к промотору с удаленного энхансера. И так далее.

Статья van Bakel et al - это полногеномное исследование полиаденилированного транскриптома с помощью RNA-seq. Исследование, в общем, подтверждает точку зрения скептиков, считающих, что большая часть "темной материи" - это всего лишь транскрипционный шум. Авторы убедительно показывают, что это еще и шум приборов. По-видимому, большая часть некодирующей РНК, идентифицированной в проекте ENCODE - это false positive сигнал от неспецифичного связывания проб на микроарреях. Понятно, что в 2007 году не было еще глубокого RNA-seq, чтобы верифицировать эти данные.

Факты, на самом деле, такие. Не матричная РНК составляет 12%. Исключаем потенциальную premRNA - остается 2%. Большую часть (71%) этой межгенной транскрипции можно объяснить протеканием сайтов терминации транскрипции. Оставшееся статистически похоже на шум, за исключением неких похожих на pasRNA коротких РНК, локализующихся с сайтами активного хроматина. Что до неполиаденилированной фракции РНК - то авторы ссылаются на подобное неопубликованное исследование, в котором ученые пришли к похожим выводам - доля "темной материи" относительно невелика."
http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1000371#abstract1

----------------
Не знаю. Мне казалось, что есть и другие данные, о том, что эти эта темная материя все же кое-что значит и несет осмысленную информацию. Не помню точно, где это видел, но пока мне кажется, что это еще не окончательное решение.
Tags: biology4
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 20 comments