Иванов-Петров Александр (ivanov_petrov) wrote,
Иванов-Петров Александр
ivanov_petrov


королевская история. Читал и подвывал от ужаса жызни
http://progenes.livejournal.com/123746.html
"...Перед биологом стоит задача - сравнить экспрессию генов в нескольких тканях. Для этого надо выделить РНК и каким-то из методов определить, с каких генов эта РНК считалась и в каком количестве. Методов есть несколько. От нозерна до микрочипов. Самый модный - это секвенирование 454. О нем и пойдет речь.
...Я сузила сначала задачу и из вороха файлов нашла исходник в экселе: сравнение генной экспрессии в двух (из 48ми) тканях. Теперь внимание и пристегнитесь. Результаты сравнения представлены в виде log2 значения соотношения экспрессии генов в ткани 1 vs. 2. Просто настолько, что можно понять и идиоту, верно? Значения колеблются от -15 до плюс 15 (это уже log2). Огого, сечете разницу в экспрессии? Всех генов несколько десятков тыщ.
...Ген Х. Логарифмированное значение соотношения экспрессии в тканях 1 vs. 2 равно 14,72. Сырые данные в студию. В ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 27 кусков. Формула расчета log2(27:0). Что, съели касатики?!!! Говорите на ноль нельзя делить? Ну нельзя так нельзя (хотя в результатах стоит ноль). Я прикинула, как могли бы рассуждать те, кто уныло смотрит на ноль. Ноль надо заменить на число, отличное от нуля. Я начала тупо подставлять и проверять логарифмом, как у них 14,72 получилось. Оказалось, что 0 приравняли до 0,001. log2(27:0,001)=14,72
...Если вы еще не ржете, посчитайте, какое значение log2 будет, если в ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 2 (два) куска. То есть вы догадываетесь, куда можно засунуть эти 300 гигов и ограничиться одной таблицей в экселе, да?
...Проблема в том, что редкий биолог интересуется сырыми данными, если сервис поставил уже готовое соотношение в красочных схемах и диаграммах. И редкий информатик интересуется особенностями того, что ему поручено посчитать. Для него это голые абстрактные числа, а для меня это штуки кусков РНК. Особенно печально, если биолог мало знает о проблемах и недостатках того метода, которым хочет что-то проверить. После таких ляпов у меня возникли подозрения к алгоритмам сбивки в контиги (которые я встречала в других случаях), к проблемам аннотации (с которой долбилась годами). Эта же проблема также касается и анализов всяких там аффиметриксов и прочих биочипов.


тут всегда душераздирающие истории. но, я бы сказал, честно раздирающие. не хочешь - не раздирайся, никто заставлять не будет. Это одна из них, старина
http://eprst2000.livejournal.com/132365.html


roman_shmarakov
Cisimus, белка (вроде бы). Жаль, что оно не попалось в руки тем умельцам, которые смастерили в переводах с греческого слово ЛЕЖАХЪ: не то и белка могла бы иметь альтернативное книжное название, к примеру, КОЛЕБАХОМЪ (если бы они поняли cisimus как перфект от cieo). И как по-новому зазвучала бы "Сказка о царе Салтане". Страна утраченных аористов.

fregimus
А что за история с «лежаху»?

roman_shmarakov
Аа, это крутейший перевод греч. κῆτος. [ссылка на Фасмера:
лежах. "кит", только цслав. лежахъ (Ио. Экзарх и др.). Калька греч. κῆτος – то же, которое было сближено по народн. этимологии с κεῖμαι "лежу"; см. Соболевский, РФВ 66, 351.]

fregimus
[(Слегка батарея от счастья.) То есть, кит на церковнославянском на самом деле именуется «лежалом» из-за этого переводческого казуса. Это как если бы переводчик с русского на английский интерпретировал, например, «сукно» как ср. р. кр. прил., означающего «имеющий отношение к суке», и перевел бы его как bitchy, а затем слово так и вошло бы в английский лексикон в значении «сукно». Красота! —f]

messala
Сестра работала одно время в Институте русского языка на составлении древнерусского словаря (на должности знающей греческие буковки). А поскольку, с одной стороны, вся древнерусская литература - переводная с греческого, а с другой - переводная она людьми, которые язык знали весьма относительно, то встречались там изумительные перлы типа "тетыгий - птица мусическая, а колхий - безгласная" (так кстати и пошли тетыгий с колхием отдельными словарными статьями).

fregimus
А кто такой колхий? Тетыгий — это цикада [τέττιξ —f], это я понял, а вот колхия угадать не могу.

messala
Улитка. κόχλος —f]

fregimus
Хосподи! Мама дорогая! Метатеза! Закон возрастания звучности!
http://roman-shmarakov.livejournal.com/353989.html
http://fregimus.livejournal.com/149492.html


Хорошая статья The truly new systematics – megascience in the information age
Frederick R. Schram Hydrobiologia 519: 1–7, 2004


Tags: livejournal2
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 13 comments