Иванов-Петров Александр (ivanov_petrov) wrote,
Иванов-Петров Александр
ivanov_petrov

Ничьи механизмы

Интересно, как смотрятся работы вне своего теоретического смысла... Вот имеется теория стабилизирующего отбора Шмальгаузена, различным образом развиваемая А.С. Раутианом и М.А. Шишкиным. То, что делает Шишкин, называется ЭТЭ, эпигенетическая теория эволюции, то, что делает Раутиан, не называется, потому что много менее известно. Одна из основных претензий к этой группе теорий - будем называть их ЭТЭ, хотя... Претензия - что нет механизмов, подтверждений. Мол, теория гладкая, но она предполагает то и се, а где же.
И вот выходят книги - The Epigenetic Revolution у Nessa Carey в 2012 (популярный обзор) и сборник Epigenomics в Springer, 2009. Это только кусочек, на деле разных книг и статей намного больше. Занимательно, что по смыслу эти работы - описательные. Там описывается многообразие механизмов, которые можно назвать эпигенетическими. И тебе через метилирование, и гистонами, и так, и эдак, и еще вот так. А с теориями, которые в некотором роде опираются на эту механику, подразумевали ее и предсказали - потому что таких вещей не могло не быть... Те теории не упоминаются. То есть нужна будет отдельная работа - рассказы о том, что вот-де, есть крупного размера теория, которую в свое время высказали разные авторы, причем она довольно различно выглядит у разных своих творцов - и вот обеспечивающая ту теорию механика, нимало не подозревающая, куда она вообще-то относится.
Хорошо, вот другой пример. Есть несколько публикационных пучков - из разных лабораторий, разные коллективы авторов. Один из пучков - работы Эрвина и Девидсона, типа
Davidson E.H., Erwin D.H. 2006. Gene regulatory networks and the evolution of animal body plans // Science. Vol. 311. p. 796-800
Erwin D.H., Davidson E.H. 2009. The evolution of hierarchical gene regulatory networks. Nature Reviews Genetics 10, 141-148
Ben-Tabou de-Leon S., Davidson E.H. 2007. Gene Regulation: Gene Control Network in Development // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 36:191–212
Davidson EH. 2006. The Regulatory Genome. Gene Regulatory Networks in Development and Evolution. San Diego, CA: Academic Press
Davidson E.H., Erwin D.H. 2006. Gene regulatory networks and the evolution of animal body plans // Science. Vol. 311. p. 796-800
Peter I.S., Davidson E.H. 2011. Evolution of gene regulatory networks controlling body plan development. Cell . 2011 144(6): 970–985
Davidson E.H. Emerging properties of animal gene regulatory networks. Nature. 2010 468(7326): 911-20.

В этом пуле работ рассказывается о том, что генные сети, регулирующие работу других генов, устроены закономерным образом. Там нашли уровневость - имеется несколько уровней регуляторных генных сетей, управляющих запуском нижележащих уровней и затем, уже внизу, генных батарей, производящих белки. Чудесно. И вот вся эта красотень рассказывается весьма описательно - названы гены, их отношения, рисуются схемки, кто кого запускает. Это по сути описательная работа, хотя описывается, говоря старинным языком, не морфология, а физиология.
Далее почти в примечаниях, обкладкой говорится - да, те сети постоянны, у разных существ из разных эволюционных стволов - те же самые уровни сетей. И, видимо, это далеко не вся регуляция - в онтогенезах, конкретных онтогенезах, к этим сетям присоединяются еще несколько управляющих уровней.
Все это описание страшно интересно, но вот к какому теоретическому объекту оно прилежит?

Существует такое много критикуемое понятие, как таксономический ранг. Типы, классы, отряды, семейства. Сейчас мейнстрим считает, что это выдуманная условность, Линней придумал, и по традиции эти бесмысленные разделения существуют, хотя они только мешают работать настоящим филогенетикам. Есть уже предложения, каким образом можно отказаться от рангов, как построить безранговые системы.
Основной упрек к рангам - в субъективности. Нет, мол, никаких критериев, а полагаться, как раньше, на опыт систематика нет никакой возможности.

Так вот, этот Девидсон в нескольких местах на чутошном месте между делом этак говорит - а найденные нами уровни генных сетей обеспечивают разные таксономические ранги. Мы нашли ядерную сеть, самую глубинную, работающую в самом начале онтогенеза, что-то вроде кодов запуска - она определяет план строения и ранг типа, а еще мы нашли пониже сети, они определяют классы, следующий уровень - отряды и семейства вместе. А нижняя сеть у нас определяет роды и виды вместе.
Тем самым представление о рангах обретает под собой некую генетическую мелкую механику, и в будущем, видимо, к рангам можно будет подходить критериально.
Причем та же ситуация. Теоретически это дело было вычислено сильно заранее - было примерно ясно, что ранги - это проявление уровней в организации онтогенеза. Потом пришел период механицистов, которые уверенно рассказывали, как они уже все понимают, и они отыскивали массу лишних биологических понятий, а у них все было просто, случайно, механично, а те сложности, что всегда находились в биологии, оказались псевдопроблемами и необоснованным субъективизмом. И вот - смотрите - все это снова прорастает на новом уровне. Уже который раз проходят идеи сквозь асфальт.
Tags: biology4
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 65 comments