Самых крупных групп – 3 (бактерии, архебактерии и эвкариоты). Их ранг очень высокий. Скажем, бактерии делятся на 30-50 царств. Многие из них еще не описаны – получен генетический материал, установлена его таксономическая принадлежность, но сами бактерии пока не описаны.
Среди архебактерий тоже, видимо, много царств – но сколько, подсчитать трудно. Дело в том, что подавляющее большинство открыто за последние 20 лет. Это формы, живущие в черных и белых курильщиках, в гейзерах, разогретых сероводородных лужах и т.д.
Среди эвкариот произошли очень серьезные изменения, многие привычные со школы группы либо не существуют, либо имеют иной объем. Например, появился новый большой таксон Ecdysozoa – объединение родственных волосатиков, круглых червей, головохоботных (приапулид и т.д.) и членистоногих. Другая большая группа – Eutrochozoa, включает кольчатых червей, немертин, моллюсков, сипункулид, эхиурид и погонофор. Плоские черви объединяются с мшанками и плеченогими.
Вторичноротые (это хордовые и иглокожие, к ним принадлежат и звери с птицами) родственны Ecdysozoa, т.е., грубо говоря, насекомые и хордовые могут быть противопоставлены прочим тварям.
Раньше среди членистоногих выделяли близкие стволы (паукообразных и ракообразных) + (многоножки + насекомые). В насекомых в качестве самой примитивной группы входили ногохвостки (коллемболы). Молгенетика показывает иные связи. «На самом деле» имеется родственная связь между насекомыми и ракообразными, от них отделена другая группа, состоящая из паукообразных и многоножек. Кто представляет себе тему, может спокойно падать со стула, дальше будет хуже.
Насекомые представляют собой «внутреннюю» группу среди ракообразных – то есть сначала от общего ствола отделились разные раки, а потом в одной из концевых веток – Мalacostraca и сестринские к ним насекомые. Ногохвостки оказались вне этой группы. Они не родственники насекомым. Они лежат между (паукообразные + многоножки) и (раки + насекомые). То есть они отделились от общего ствола еще до раков.
Почти все традиционные морфологические признаки, на основании которых выделяли привычные таксоны, по данным молбиологии оказываются возникающими параллельно. Это означает. Что почти все традиционные таксоны будут разрушены. Система будет состоять из очень непривычных групп, куда будут «по кусочкам» рассованы представители привычных таксонов.
Собственно, эти факты трактуют подобным образом только сторонники молекулярной филогенетики. Они полагают, что молекулярные признаки имеют приоритет над традиционными – поскольку они одноуровневые. Не допускают субъективизма, их очень много, с ними можно работать количественно, они «простые» - то есть не требуют развитых теоретических соображений (морфологической теории), а только развитой технологии.
Вообще-то ясно, что приведенные данные означают следующее: признаки макроморфологии и молекулярной морфологии образуют сетку; они взаимно противоречивы и каждая система признаков относительно другой выступает как ряд параллелизмов. Что с этим делать, чему отдавать предпочтение и можно ли эти системы признаков совместить – это, конечно, предмет для особого разговора. Только его не с кем вести – «немолекулярных» морфологов мало, в очень многих статьях они клеймятся как «устаревшие». В общем, да здравствует новый, незнакомый и ни на что непохожий мир.