Иванов-Петров Александр (ivanov_petrov) wrote,
Иванов-Петров Александр
ivanov_petrov

Карта разнообразия

Мечты сбываются. Постепенно, но... Вот тут http://ivanov-petrov.livejournal.com/1225599.html я написал:
"Хорошо бы иметь карту развертки биологических законов на разнообразие. Нарисовать рельефом - ну, чтобы например численность отображалась или число видов, богатство таксона. И нанести на этот рельеф исполняемость основных биологических концепций. Например, концепция биологического вида, основанная на скрещивании, неприменима к агамным и бесполым; представления о горизонтальном переносе в значительно большей степени применимы к прокариотам, чем к эукариотам. Концепция о причине полового размножения - и те коловратки. И т.п. И вот взять эти многочисленные биологические концепты - и намазать их на такую карту. Например - цветом, яркостью его отображать степень выполняемости концепта. Ну, ясно, что "половой отбор" у бесполых невозможен, и другие такие же ограничения."

И вот А. Шипунов урвал у себя кусок времени и сделал подложку для такой карты: это рельеф типов, таксонов типового ранга.




Шипунов пишет по поводу этой карты: "Метод
За основу взята моя классификация (http://herba.msu.ru/shipunov/os/os-en.htm), из которой убраны таксоны рангом ниже класса. Все типы помещены в квадратную таблицу различий, в которую внесены различия по 6-балльной шкале (0 -- для самого себя, 1-5 -- для различий внутри надтипа/на уровне надтипа/инфрацарства/подцарства/царства соответственно). Кое-где расстояния подправлены для того чтобы указать на "проливы" между царствами (типичный пример -- зеленые водоросли и мохообразные). Затем эта таблица послужила основой для многомерного шкалирования (этот метод как раз и реализует идею построения карты на основе расстояний). Чтобы точки на карте не "слипались", добавлен случайный шум. Далее, для каждого типа по разным источникам (источники указаны) найдено примерное количество видов (для бактерий -- количество различных штаммов/сиквенсов). Натуральный логарифм количества видов взят за основу "третьего измерения" карты. Для этого построена LOESS-модель, экстраполированная на все точки плоскости (иначе изолиний не получится). Вот, собственно, и все.

Серьезный минус -- случайный шум позволяет карте выглядеть "как карта", но не несет информации. Гораздо лучше было бы поточнее указать "расстояния" между типами, тогда не пришлось бы оперировать шумом.

Только надо обязательно указать, что это еще не карта как таковая, а попытка показать, как она могла бы выглядеть.
"Настоящую" карту надо будет делать либо перемещая таксоны вручную, чтобы расстояния отражали связи, либо редактируя исходную матрицу дистанций так, чтобы все дистанции были разные (тогда точки в большинстве случаев не должны слипаться). Оба варианта требуют нескольких дней работы, которых пока у меня нет, к сожалению."
-------------
При желании можно посмотреть на другие материалы на странице http://herba.msu.ru/shipunov/index-ru.htm

При другом желании можно заняться той раскраской, о которой я говорил. Я, правда, мечтал о карте вплоть до семейств - или хоть до класов... Но это трудно. Типов 70, а классов около 300, поэтому придется заполнять таблицу 300 x 300. При этом возникают серьезные графические трудности - надо нанести 300 или более названий на карту, чтобы они не налегали друг на друга, не было переплетений и пр.
Tags: biology4
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 6 comments