Интересно - до Линнея. После него - понятно.
Итак, Ньютон, занимаясь алхимией, в 1670-х написал Of Natures obvious laws and processes in vegetation
Там он делил природу на три царства. В своих алхимических разысканиях Ньютон не был приверженцем определенной алхимической традиции - как все, был под влиянием школы Ван Гельмонта и всякого неоплатонизма. Можно отыскивать в алхимических источниках Ньютона - они разысканы - где именно он списал про три царства.
Другой след. В 1645 году французский алхимик Коллезон Johannes Colleson разделил природу на три царства. Скорее всего, и он не был первым.
Это древняя алхимическая традиция, временами всплывающая тут и там. Ее можно проследить до арабской алхимии, в более древние века. Проявляется она пунктиром - стремление классифицировать одолело людей примерно в 17-18 вв., до того таких потребностей не было, и говорили об этом редко, не при каждом упоминании природы или ее частей. Но если приходилось - воспроизводили идею о трех царствах, которая таким образом достигла Линнея, а уж он придал ей формальные основания.