Можно отнести эти вводимые понятия к двум полюсам. На одном понятия узкие, они едва вмещают несколько исходных примеров, они относятся только к указанному предмету. По сути, в них нет мыслительного содержания, их нельзя думать - это просто значки для обозначения чего-то конкретного и единичного. С такими понятиями нет опасности попасть в какие-нибудь мыслительные ловушки - потому что с ними вообще нельзя думать. Каменная осыпь будет выражена через уравнения движения каждого из камней, а осыпи в мысли не появится. Если же все-таки пытаться думать, мышление сразу оказывается в плену весьма абстрактных схем, которые не прилепляются к реальности. Тут мысль оказывается прикреплена к некоему фрейму, схеме, по которой можно гонять до бесконечности, противоречий там не будет, но и понимания не возникает - по сути, есть только этот фрейм, который подминает под себя материал. Особенно некрасиво получается с понятиями не-предметными. когда понятие обозначет экспериментальный процесс, по сути - один или два, приведенных в примерах. Каким образом в такое понятие подгружать другие процессы и где граница понятия, как его отличать от близких - великая загадка (скажем, понятие ароморфоза введено указанием на немногие конкретные примеры и общую схему, мыслить это понятия крайне неудобно, сразу получаются абстракции).
Другой полюс состоит из понятий, которых обвиняют в "кабинетности" и надуманности. Это такие искусственные схемы, например, созданные по аналогии с ситуациями в мире людей, или по аналогии с математическими терминами, или еще как-то. (Например, понятия родственного отбора или честной коммуникации). Эти схемы не могут обсуждаться: по сути, под ними нет содержания. Но при усилии, если нажать, очень многое может быть втиснуто под власть такой схемы. Есть работы, в которых приводится много примеров понятий первого и второго сорта, с критикой и разоблачением, но разбирать примеры не буду - они длинны, задиристы и провоцируют на несогласие. В критике ведь тоже могут быть ошибки, и тут поле нескончаемых дискуссий. Я хотел лишь сказать, какие две основные группы укоризн по поводу понятий можно встретить.
А речь пойдет о другом, как раз о создаваемых понятиях. Поскольку их косые тысячи, нет и речи обо всех, но хочется показать несколько примеров, как это бывает. Из примеров можно уловить, что не нравится в уже готовых понятиях. Первый пример будет из работы Griesemer 2000 Reproduction and the reduction of genetics http://innovation.ucdavis.edu/people/publications/20%20Griesemer%202000%20Reproduction%20and%20Reduction%20of%20Genetics.pdf по поводу размножения, автора не устроило нынешнее положение дел и он попытался создать более формализованные понятия. (Особенно мне понравилось, как у него вирусы получились нематериальными. Духи болезни, что).
Другой пример - гораздо более забавное понятие у A. Minelli (Theory in Biosciences, 1994): Scaffolded biology http://link.springer.com/article/10.1007/s12064-016-0230-1
Как говорил Леонович, орнитолог и антропософ, ценитель Пастернака и путешественник, - бабочка составляет целое с цветком, птица с песней и окружающим ландшафтом. Минелли вводит понятие "вспомогательной конструкции" (другое значение - эшафот, виселица, но имеется в виду "строительные леса"). Утверждается, что следует понимать не просто организм, вырезанный по границам. Надо учитывать разные сплетения с неживыми частями, с другими организмами, с окружением - тогда получатся образования, с которыми следует работать. Основополагающий пример - дерево, которое мыслится автором как эшафот мертвой древесины, на который вздернуты живые части, шелестящие там, в вышине, и стелющиеся там, под землей. Говорится на самые разные темы - и про вольбахию, и про паразитизм плода в теле матери, и про самые разные иные случаи. Автор утверждает, что биологическео мышление определяется теми оппозициями, которые мы считаем основными, и если мы мыслим в понятиях nature/nurture, или нследственный-ненаследственный, то сразу самим этим выбором главного противоречия определяем всю биологическую картину мира. Минелли полагает, что если испытатель естества будет мыслить через эшафот, понятия получатся более жизненными.
В любом случае... хотя обновить парк понятий биологии получается не у всех, интересны попытки - что не нравится и в какую сторону пытаются крутить вола.