April 23rd, 2011

geo

Старые университеты

Древнейший из ныне действующих университетов — университете аль-Карауин в Фесе (Марокко), основанный в 859 г. http://en.wikipedia.org/wiki/University_of_Al-Karaouine - Медресе стало университетом в 1947.
С 900 г. начали обучаться медицине и теологии в Фаифе (Шотландия, с 1411 г. — Университет Св. Андрея). Fife http://en.wikipedia.org/wiki/University_of_St_Andrews. До того - монастырская школа Church of St. Mary on the Rock
В 1088 г. основан первый европейский университет в Болонье (Италия), собственно, ставший университетом в XII в.
1167 г. - Оксфорд
1218 г. — Саламанкa
1222 г. — Падуя
1224 г. - Неаполитанский университет
1253 г. — Сорбонна
1284 г. — Кембридж
Collapse )
geo

(no subject)

"Никогда по закону природы не прекращалось и не прекратится рождение. Если же кто-то скажет, что по воле бога рождение когда-нибудь прекратится, так же как когда-то не существовало ... я скажу, что мне нет дела до чудес бога, когда я рассуждаю о естественных вещах, следуя естественной логике". Альберт Великий, 1193—1280
geo

(no subject)


королевская история. Читал и подвывал от ужаса жызни
http://progenes.livejournal.com/123746.html
"...Перед биологом стоит задача - сравнить экспрессию генов в нескольких тканях. Для этого надо выделить РНК и каким-то из методов определить, с каких генов эта РНК считалась и в каком количестве. Методов есть несколько. От нозерна до микрочипов. Самый модный - это секвенирование 454. О нем и пойдет речь.
...Я сузила сначала задачу и из вороха файлов нашла исходник в экселе: сравнение генной экспрессии в двух (из 48ми) тканях. Теперь внимание и пристегнитесь. Результаты сравнения представлены в виде log2 значения соотношения экспрессии генов в ткани 1 vs. 2. Просто настолько, что можно понять и идиоту, верно? Значения колеблются от -15 до плюс 15 (это уже log2). Огого, сечете разницу в экспрессии? Всех генов несколько десятков тыщ.
...Ген Х. Логарифмированное значение соотношения экспрессии в тканях 1 vs. 2 равно 14,72. Сырые данные в студию. В ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 27 кусков. Формула расчета log2(27:0). Что, съели касатики?!!! Говорите на ноль нельзя делить? Ну нельзя так нельзя (хотя в результатах стоит ноль). Я прикинула, как могли бы рассуждать те, кто уныло смотрит на ноль. Ноль надо заменить на число, отличное от нуля. Я начала тупо подставлять и проверять логарифмом, как у них 14,72 получилось. Оказалось, что 0 приравняли до 0,001. log2(27:0,001)=14,72
...Если вы еще не ржете, посчитайте, какое значение log2 будет, если в ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 2 (два) куска. То есть вы догадываетесь, куда можно засунуть эти 300 гигов и ограничиться одной таблицей в экселе, да?
...Проблема в том, что редкий биолог интересуется сырыми данными, если сервис поставил уже готовое соотношение в красочных схемах и диаграммах. И редкий информатик интересуется особенностями того, что ему поручено посчитать. Для него это голые абстрактные числа, а для меня это штуки кусков РНК. Особенно печально, если биолог мало знает о проблемах и недостатках того метода, которым хочет что-то проверить. После таких ляпов у меня возникли подозрения к алгоритмам сбивки в контиги (которые я встречала в других случаях), к проблемам аннотации (с которой долбилась годами). Эта же проблема также касается и анализов всяких там аффиметриксов и прочих биочипов.

Collapse )