Онтогенез - индивидуальное развитие, тут подразумевается, что есть индивидуум. Смысл понятия выясняется из самого обычного примера, который часто выдается за определение - развитие многоклеточного (позвоночного) из единственной клетки (зиготы). Дело не в изменении количества клеток, дело в пересечении уровня сложности. Пример подразумевает, что одноклеточные и многоклеточные находятся на принципиально разных уровнях сложности, уровнях организации. Развитие, онтогенез предполагает, что живое существо проходит путь от низкой организации к высокой, что живое существо достигает принципиальной новизны в строении. Если этого нет, изменение не является развитием, онтогенезом. Тем самым мыслима траектория изменений, которая не является развитием, и не любой жизненный цикл (некая смена форм, последовательность преобразований) является онтогенезом.
Дальше можно думать, возможен ли онтогенез у неживых систем. Вообще - да, если там будет достижение принципиальной новизны и самостоятельное развитие. При этом важно, кто именно обеспечивает развитие. Живое существо подразумевает самостоятельно развивающуюся систему (целое). Если система развивается не сама (например, следует программе развития, которую написал программист), то это не целое, а часть. Это еще один принципиальный момент в определении онтогенеза. Про вирусы часто утверждают, что они живые, потому что у них есть соответствующие функции, а то, что они их развивают при использовании "чужих" клеток, это уже второстепенный момент, паразитов много. тут ошибка, спутано целое и часть. Как при определении развития пришлось использовать качественное понятие уровня сложности и принципиальную новизну (не любое новшество обеспечивает развитие), так и тут приходится использовать качественные понятия целого и части. Именно автономная система развивается. а если система представляет собой часть другой системы, то ее траектория изменения не называется онтогенезом.
Онтогенез приложим только к (живому) существу.
Дальше достаточно интересные следствия - как понимать изменения технических систем (которые оказываются своеобразными отделившимися частями (аспектами) целого), каким образом определить, когда отделенный аспект приобретает собственную автономность и становится существом - в общем, много там чего. Например, как понимать сукцессию - развитие биоценоза, существование систем, не имеющих общего связного тела и не имеющих "наследственного кода". Есть концепции вида-индивидуума, подразумевающие индивидов с распределенным телом, без материального контакта (почти), но с общим наследственным кодом (там еще большой и длинный вопрос, насколько он общий и насколько принадлежит виду). У стадий сукцессии нет и общего кода, однако система их изменений крайне напоминает развитие. Есть идея, что кодом там служит состав видов (экологических ролей), как в оркестре без дирижера - собравшись вместе, системы дополнительно специализируются по профилю необходимых "профессий", и этот набор профессий ведет сообщество по некоторому пути изменений, обладая эквифинальностью и другими чертами онтогенеза. Наследственным кодом служат телесные существа. При этом получается. что в процессе сукцессии развивающаяся система (ценоз) творит себе наследственный код, сама его собирает и означивает. Потому что на входе - набор элементов, которые не обладают осмысленными с точки зрения ценоза значениями, а на выходе - работающее сообщество, в котором имеются внятные функции, профессии видов. Симметрия сукцессии и онтогенеза, филоценогенеза и филогенеза весьма занимательны, однако это довольно удаленные следствия из общей теории развития. Первичный состав этой теории основан именно на понятии онтогенеза как развития, как изменений существа при достижении принципиально нового уровня организации. Если это не существо (а часть, аспект и пр.), если это не достижение нового уровня - то это не онтогенез.
И с этого места очень интересный разговор о разных стадиях редукции онтогенеза. Но это уже длинно и другое.