Вопрос очень сложный - такой книги может не быть, или можно вполне ее не знать, или их слишком много, и ни одна никак не может претендовать на такую роль.
Ну вот я придумал - по мере вспоминания, между делом, попробую сказать. Конечно, только своё мнение - это понятно. Может быть, оно и не так...
Кстати, если кто присоединится - будет приятно. Вместе легче охватить.
Да, так вот. Вопрос о строении и истории университета, его роли в истории науки - книга?
Паульсен Ф. Германские университеты. СПб. 1904.
У него же есть прекрасная книга Паульсен Ф. Исторический очерк развития образования в Германии / Под ред. Н.В. Сперанского. - М., 1908. - XXIV, 336 с., многое детализирующая.