Основным методом был комментарий - это была и форма научной (схоластической) деятельности, и форма обучения. Единицей изучения был авторитетный труд того или иного автора. В университете преподаватель зачитывал небольшой фрагмент изучаемого произведения. После этого слушатели задавали вопросы и делились затруднениями, которые у них возникли при понимании. Эти вопросы и трудности обсуждались - отвечали одни ученики другим, изредка вмешивался преподаватель (магистр). После прочтения таким образом нескольких глав назначался диспут.
Обычный стандартный диспут длился два дня. Заранее объявлялась тема диспута. Магистр делал краткое введение, "ставил вопрос". Потом бакалавр обходил слушателей (участников) и собирал аргументы. Слушатели аргументировали ту или иную позицию - согласен, не согласен, всё не так... Многие аргументы отсеивал бакалавр - сразу давая на них ответы. Тут же присутствовал секретарь, который записывал вопросы и ответы. Это был первый день. На следующий день магистр суммировал pro и contra, отвечал на аргументы, прошедшие отсев и давал собственное решение вопроса.
Результат диспута публиковался в записи секретаря (это называлось reportatio) или в собственной авторизованной версии магистра (ordinatio). По этим книжечкам учились студенты следующих потоков, изощряя аргументы, и с ними диспутировали магисты - выдвигая собственные аргументы и приходя к иным решениям вопросов.