"Транспозируемые элементы делятся на два основных класса: ДНК транспозоны и ретроэлементы, последние составляют до 42 % от генома человека и мало чем отличаются от ВИЧ. Но их отличия мы рассмотрим позже, а пока только то, что их сближает. Ретроэлементы кодируют обратную транскриптазу и, как и ВИЧ, перемещаются по геному человека через образование РНК-транскрипта. Образовавшийся транскрипт транскрибируется «обратно» в ДНК-транскрипт и встраивается в хромосому клетки. При перемещении ретротранспозонов соблюдается принцип — «копировался и вставился» («copy and paste»), как в «доброе старое время» протоклеточных образований архейской эры (Супотницкий М.В., 2006).
По этим данным получается, что структуры подобные ВИЧ, обобщенно называемые ретроэлементами, и есть геном человека. Следовательно, они первичны, а человек и другие организмы начиная с PROTOZOA, по отношению к ним вторичны.
Нам нужно ясно понимать то, что ретроэлементы генома клетки, вирусы, бактерии и одноклеточные организмы бессмертны, так как они либо копируются с матрицы, либо размножаются делением. В отличие от нас они не знают смерти, как разделения пространства и времени. Процессы, в которых они участвуют, идут вне нашего ощущения времени (год, месяц, неделя, час, минута и т.п. — этого измерения для них не существует) и вне зависимости от продолжительности существования отдельных видов живых существ, всегда являющихся для ретровирусов и ретроэлементов генома промежуточными хозяевами. Поэтому не смысла обманывать себя терминами, отражающими наше понимание времени, когда речь идет о процессах, в которых участвуют ретроэлементы и ретровирусы. И с этой точки зрения целесообразно смотреть на эволюционные процессы, в которых они участвуют (Супотницкий М.В., 2000).
Обнаруженные в геноме современного человека L1 ретротранспозоны имеют свою собственную эволюционную историю, начавшуюся еще с мезозойской эры (по нашему летоисчислению — это не менее 100 млн. лет); т.е. в известном нам виде они существовали еще до появления класса млекопитающих (Furano A.V., 2000). Эффективно дуплицируя сами себя, L1 играют ключевую роль в увеличении генома вида посредством размножения нетранспозируемых Alu- и SVA-элементов, и образования ретропсевдогенов.
...
Таким образом, давление естественного отбора закрепило за эндогенными ретротроэлементами функцию постепенного наращивания генома вида-хозяина путем образования новых собственных копий; его усложнения путем образования новых экзонов из интронов и/или увеличения количества генов, подвергающихся альтернативному сплайсингу. Они придают виду способность к многовариантности эволюционных ответов на изменения в окружающей среде. Благодаря избыточности создаваемого эндогенными ретротроэлементами генетического материала, под давлением естественного отбора происходит усложнение вида (анагенез); и/или его «расщепление» на дочерние виды (кладогенез). Исходные виды, ставшие в изменившихся условиях среды неадаптивными, вымирают.
Все из этих наиболее полных провирусов принадлежат к их молодому семейству HERV-K, которое исключительно поддерживается в геноме приматов Старого света (Old World monkeys, OWMs), включая человекообразных обезьян и людей (Greenwood A. D. et al., 2005). Происхождение многих эндогенных ретровирусов человека уходит в глубину эволюционной истории приматов примерно на 30-45 млн. лет (см. работы Sverdlov E.D., 2000; и Hughes J . F ., Coffin J.M., 2005). В действительности они должны быть намного древнее, так как некоторые ретроэлементы геномов приматов Старого Света имеют возраст не менее 55 млн. лет (Bannert N., Kurth R . 2004).
...
Ретровирусы семейства HERV-K были активны перед и после эволюционного разделения человека и шимпанзе 5—6 млн. лет назад. Некоторые из них встречаются исключительно только у людей, тем самым показывая, что они интегрировались с его геномом уже после разделения этих линий
...
Теперь мы подходим к самому интересному результату совместной эволюции приматов и ретровирусов. По данным P. Jern et al. (2006), в эволюции шимпанзе и людей участвовали разные эндогенные вирусы и с разными сценариями активности. Авторы нашли различия в недавней (т.е. имевшей место в ближайшие 5 млн. лет) активности бета-подобных и гамма-подобных эндогенных ретровирусов в геномах этих видов приматов. Сама же гамма-ретровирусная интеграционная активность была разделена во времени от бета-ретровирусной.
Сравнение генома людей и близкородственных приматов, показало, что различия между ними являются следствием не столько вариаций в их генах, сколько результатом различий в экспрессии и регуляции одних и тех же генов. Например, исследования, основанные на микроанализе ДНК, показывают, что экспрессия сложных генов человеческого мозга значительно превышает их же экспрессию у нечеловекообразных приматов. Но ткани, иные чем мозг, у этих же приматов не показывают значительных различий в экспрессии генов. В этой связи любопытны эксперименты А. Stengel et al. (2006), обнаруживших повышенную экспрессию HERV в тканях мозга человека, но оказывавшихся либо полностью неактивными в аналогичных тканях обезьян Старого Света, либо их экспрессия была незначительной.
...
Получается, что толчком к дивергенции приматов становились эпизоотии ретровирусных инфекций, заканчивающиеся эндогенизацией вызвавших их ретровирусов.... Если придерживаться распространенной точки зрения на эндогенизацию ретровирусов как на процесс «перехода» экзогенного ретровируса, вызывающего эпидемии среди своих новых хозяев (а для наших отдаленных предков правильнее использовать термин «эпизоотии»), в эндогенный вирус-мутант, не способный образовывать вирусные частицы и передаваться горизонтально, то надо предполагать еще и ту цену, которую заплатил отряд приматов за эту «интеграцию». Такая «эндогенизация ретровируса» неизбежно должна сопровождаться массовым вымиранием их отдельных видов и, даже, семейств.
...
Известно, что обезьяны Нового Света (New World monkeys, NWMs) обычно либо вообще не имеют, либо имеют только сильно редуцированные копии эндогенных ретровирусов большинства классов (Greenwood A. D. et al., 2005). Объяснение причин отсутствия следов «ретровирусных атак» в геноме обезьян Нового Света представляет собой не менее интересную задачу, чем объяснение их наличия для обезьян Старого Света. Получается, что существуют либо неизвестные источники ретровирусов для приматов (и с ними не соприкасались приматы Американского континента — в качестве таких источников мы предполагаем почвенных амеб; см. Супотницкий М.В., 2006), либо в природе имеются какие-то терминаторы ретровирусных эпизоотий, которые не представлены в Старом Свете.
...
Таким образом, роль в эволюции экзогенных ретровирусов, не способных к эндогенизации, заключается в увеличении биологического разнообразия через терминацию эволюции неадаптивных видов. Увеличение темпов видообразования происходит уже после массовых вымираний таких видов и снижения степени заполненности ими экологических ниш. Ретровирусное инфицирование вида, сопровождающееся эндогенизацией вируса, возможно не при всех сценариях его существования, однако если оно произошло, то влечет за собой труднопрогнозируемые эволюционные последствия на протяжении нескольких миллионов лет. У людей эволюционные процессы с участием HERV, еще до дивергенции приматов на предков шимпанзе и предков человека, создали определенный генетический «задел на будущее», предопределяя альтернативы нашей дальнейшей эволюции.
...
Эукариотические виды существуют, эволюционируют и исчезают в тесном ретровирусном «объятии». Пандемии ретровирусных инфекций представляют собой «слоеный пирог». Его самый «верхний слой» составляют ретровирусы, активно размножающиеся в цитоплазме клеток хозяина; самый «нижний» представлен репликационно-активными формами эндогенных ретровирусов. «Слои» «переложены» экзонами и интронами генов, ретротранспозируемыми и регуляторными элементами, псевдогенами и др. последовательностями генома хозяина. Раскрытие взаимоотношений между ними, скорее всего, составит основное содержание генетики на ближайшие десятилетия. Наше собственное место в природе, особенно в сравнении с тем, которое занимают ретровирусы, очень невелико. ВИЧ/СПИД-пандемия не является отдельной самостоятельной пандемией, вызванной проникновением в человеческие популяции нового вируса. Она «верхушка» более сложного природного явления — эволюционного процесса, который представляется нам в маске инфекционного. В эволюции гоминоидов ВИЧ и подобные ему ретровирусы играют роль фактора естественного отбора, ускоряющего процессы, определяемые в их геноме активностью HERV-K (HML-2) и других эндогенных ретроэлементов. Пандемия ВИЧ/СПИДа — это терминация неадаптивного вида, она имеет критическое значение для нашего существования как биологического вида."
http://supotnitskiy.ru/stat/stat49.htm
"В европейских популяциях людей ВИЧ присутствовал еще с тех времен, когда разрозненные и малочисленные праевропейские племена шли за отступающими ледниками на север Европы. Из-за небольшой численности и рассеянности они были менее уязвимы для возбудителей острых контагиозных инфекций (т.е. использующих стратегию паразитизма первого типа), в том числе и ВНО. Однако эпидемические цепочки ВИЧ и подобных вирусов среди европейцев поддерживались сравнительно долго, возможно до античных и, даже до сокрушительных раннесредневековых эпидемий контагиозных болезней, собирательно называемых тогда «чумой». До эпидемий контагиозных болезней продолжительность жизни «первобытных» европейцев редко превышала 30 лет, как сегодня негров в пораженной ВИЧ Уганде.
Эволюционное древо гоминид. Большое количество ветвей «обрублено» естественным отбором. Оставшиеся виды, за исключением Homo sapiens, устойчивы к ВИЧ, и вряд ли это случайность"
---
Очень красивая гипотеза, только стоит обратить внимание - доказательства в основном косвенные, многие ключевые моменты гипотезы сокрыты в убежище незнания.